En semifinales su rival fue O’Higgins, al que venció por 1-0 en Rancagua, para luego golearlo por 7-1 en Santiago, clasificando con ello a la final del campeonato, instancia en la que enfrentó a Universidad Católica en un nuevo Clásico Universitario. En tanto, en el Torneo de Clausura el equipo realizó una campaña positiva terminando con el mejor puntaje del grupo 1 y de la tabla general de la fase clasificatoria, al sumar 38 puntos, clasificando con ello a la Copa Libertadores 2009 en calidad de «Chile 3». No obstante, en cuartos de final, los azules perdieron por 0-3 en Calama ante Cobreloa y aunque en el partido de vuelta vencieron por 3-2, la diferencia de goles favoreció al cuadro naranjo y la «U» volvió a quedar fuera de la lucha por el título. En la final enfrentaron a Liga de Quito de Ecuador (campeón de la Recopa Sudamericana 2010), venciendo 1-0 en el partido de ida en Ecuador y 3-0 en el de vuelta en Chile. Cabe consignar que, previamente a ello, la «U» venció por playoffs a Cobreloa y Colo-Colo (a este último en una remontada de 4-0, tras haber caído 2-0 en el encuentro de ida).

Ese mismo año, Universidad de Chile llega por cuarta vez en su historia a semifinales de Copa Libertadores, esta vez en la edición de 2012. Durante esta instancia, la «U» venció a Peñarol, Atlético Nacional y Godoy Cruz en fase de grupos. Sin embargo, las andanzas de este equipo se cortaron de golpe en 1936, año en el que estalló la Guerra civil española, hecho que obligó a suspender la liga durante tres temporadas. El cambio de estadio supuso que se potenciaran las secciones deportivas ajenas al football que habían sido inauguradas durante el mandato de De Acha, siendo habitual que destacaran jugadores en varias disciplinas (como Andrés Tuduri, futuro Presidente de la Federación Española de Atletismo, quien en sus doce temporadas en el club desde 1916 alzó varios títulos tanto en football como en hockey). El 5 de mayo de 2012, en el último partido de la temporada en el Estadio Vicente Calderón recibió, al igual que Antonio López, la insignia de oro y brillantes por parte del club y una camiseta con el número de partidos disputados con el equipo ya que su contrato finalizaba el 30 de junio de ese año y no se iba a producir su renovación.

El símbolo del club está inspirado en el chuncho (mochuelo patagón), que se remonta a la creación del Club Náutico Universitario, entidad que aportó con su emblema al Club Universitario de Deportes, cuando este se fundó en 1927. El origen del chuncho se debe a Pablo Ramírez Rodríguez, dirigente de natación y Ministro de Hacienda en 1945, quien trajo desde Alemania el diseño del emblema. 6 de mayo, por amplia mayoría, la asamblea de socios de la CORFUCH decidió que el club se mantuviera como corporación de fútbol con la consiguiente creación de un fondo de inversión denominado de «Deporte Profesional», rechazando de plano la posibilidad de transformarlo en sociedad anónima o que este fuese gerenciado por un período de 30 años por una sociedad anónima ajena al club, como es el caso de Blanco y Negro S.A. en Colo-Colo. Sin embargo, deportivamente siguió existiendo vinculación entre los dos equipos, y el conjunto vizcaíno continuó convocando a los jugadores del Athletic Club de Madrid para que disputaran bajo su enseña el Campeonato de España. Hace pocos días se hizo oficial la primera peña del Atlético de Madrid en Uruguay, país que tiene muchos vínculos con el conjunto rojiblanco.

En la temporada 1985-1986 participó por primera vez en su historia en la Copa de la UEFA, tras haber logrado terminar la temporada anterior en la sexta posición de la tabla en Liga. Además de ello, en octubre llega a cuartos de final de la Copa Sudamericana 2012 tras vencer a Emelec de Ecuador y caer ante Sao Paulo FC de Brasil. En el Torneo de Apertura 2011, la «U» alcanzó el segundo puesto de la fase regular, con treinta y cinco puntos, y clasificó a play offs para enfrentar en cuartos de final a Unión San Felipe, derrotándolo de visita por 2-1 e igualando en casa 1-1, camisetas futbol resultados que le permitieron acceder a la siguiente fase. Furphy trajo a cinco jugadores que militaban en la Liga Inglesa de los cuales 3 eran del Sheffield United. ↑ Diario Cinco Días (ed.). Miguel Pinto fue elegido el mejor portero de América por votación del diario El País de Uruguay. Sin embargo, en semifinales cayó ante Boca Juniors (con una derrota 2-0 en Buenos Aires, y un empate 0-0 en Santiago), quedando eliminado del certamen. Finalmente, en la Liguilla Pre-Libertadores de 2010, Universidad de Chile fue eliminada luego de igualar 0-0 y caer por 1-4 ante Unión Española.

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