En la Liga de Campeones 2000-01, no pudieron revalidar el título al ser eliminados en las semifinales por el Bayern de Múnich. Al mismo tiempo, camiseta atletico de madrid las reestructuraciones que la UEFA fue adoptando en la Liga de Campeones en favor de algunas demandas de los grandes clubes paralizó en medida la creación de la nueva competición. Independiente siempre se mantuvo firme en la última línea compuesta por Néstor Clausen, Hugo Villaverde, Enzo Trossero y Carlos Enrique, y el partido finalizó con triunfo 1-0 para Independiente, en el Estadio Olímpico de Tokio en Japón, resultando campeón del mundo por segunda vez.