El equipo se mantuvo tres temporadas en la categoría (1987-88, 1988-89 y 1989-90) e incluso a lo largo de la temporada 1988-89 estuvo muy cerca del liderato que entonces proporcionaba el ascenso directo a Segunda División A, segunda equipacion atletico de madrid 2023 pero fue un espejismo: el club descendió nuevamente a Tercera División en la temporada 1989-90 al quedar colista de camiseta del atletico de madrid su grupo. En las temporadas 1999/2000 y 2000/01, Quilmes obtiene el subcampeonato de la Primera B Nacional, camiseta del atletico de madrid pero no logra ascender.